Bei dem einen Paket ist allerdings der absolute Pfad eingetragen (/path/to/dists/wheezy/main/binary-amd64).
<->
bei dem Paket brlcad steht in Packages der absolute Pfad (/home/srv/debian/pool).
Hast Du vielleicht über zBsp. Konfigurationsdatei den absoluten Dateipfad eingetragen?
Override-Datei o.ä.?
Vielleicht Delinking für genau dieses Paket? (APT::FTPArchive::DeLinkAct)
Oder eine Programm-Datenbank mit veraltetem Inhalt?
Wird vielleicht mit verschiedenen Mounts gearbeitet?
Wird apt-ftparchive über ein wrapper-Skript (zBsp. als /usr/local/bin/apt-ftparchive) benutzt,
das verschieden erzeugte Packages zBsp. per 'cat' zusammenfügt?
Ich habe das mal mit
lndir /abs/files/
lndir ../rel/files/
auch mit absoluten und relativen (Soft)Links in files/ ausprobiert.
Ein einfaches 'apt-ftparchiv packages target' hat dabei immer einen target-Pfad als 'Filename:' erzeugt,
auch immer passend je nachdem ich nun target als Punkt '.' oder /pfad/target angegeben habe.
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$ apt-ftparchive --version
apt 0.9.7.6 für i386, kompiliert am Oct 16 2012 16:45:33