Software für Chemiker/Chemie

[Fabian.]

Grüße euch,

in diesem Thread kann jeder seine Tipps/Empfehlungen/Erfahrungen bezüglich Linux und Chemie äußern und austauschen.

Für NMR-Auswertung gibt es (leider kostenpflichtig) Topspin von Bruker.

Für 3D-Molekülmodelle gibt es ja sehr viele Programme. Welches sollte man für "normale" Moleküle nehmen (keine Proteine, keine Kristalle)? RasMol, Povray, Molden, Molekel, JMol, PyMol... Bald noch Avogadro von KDE.

Mich wundert es, dass es keinen ausreichenden 2D-Moleküleditor für Linux gibt und dass es diesbezüglich auch scheinbar keinen Fortschritt gibt; weder frei, noch kommerziell (chemdraw/chemoffice ist leider nur für Windows).

Zwar gibt es viele Ansätze (xdrawchem, chemtool, marvinsketch, bkchem, easychem, ...), aber überall fehlen nötige Werkzeuge oder die Ausgabe ist unsauber. Zudemfehlt oft ein eps-Export.
Könnte man nicht eine Art Unterschriftenaktion starten und an die Macher von Kalzium (KDE-Edu) schicken?

Hoffe hier sind ein paar Chemiker/-innen.
Grüße, Fabian.

[Spasswolf]

Das habe ich bei Gentoo zu Nmr gefunden:
http://www.onemoonscientific.com/nmrview/overview.html
http://spin.niddk.nih.gov/bax/software/NMRPipe/
http://maple.rsvs.ulaval.ca/mediawiki/index.php/PyNMR

[duese]

BKChem ist ein freies 2D-Zeichenprogramm.

Gruß,
Thomas

[Fabian.]

Hi, also ich kenne BKchem und das ist leider kein Ersatz für Chemdraw. Es fehlen zu viele Dinge. (Wobei einfachere Moleküle schon recht gut aussehen! Das ist die richtige Richtung.)

Die angesprochenen NMR-Programme sind halt auch noch nicht wirklich ausgereift.Am besten ist mit Abstand das kostenpflichtige Topspin (und das gibts sicher nicht eben für 200 Euro...).
Eine gute Entwicklung ist "MestRe Nova" von http://www.mestrec.com.
Aber irgendwie steht da überall "free" und dann ists doch nur ne Trial-Version...

[duese]

[...]Es fehlen zu viele Dinge.[...]

Magst Du mir sagen, was Dir bei BKChem fehlt?

Gruß,
Thomas

[Fabian.]

Also was mir jetzt so einfällt sind viele Kleinigkeiten, aber alle zusammen sind eben schon gewichtig:
Wenn man mit der Maus über ein Atom eines Moleküls geht und z.B. P für Phosphor drückt, dann wird nicht an dieser Stelle ein P eingefügt, sondern am zuletzt erstellten Molekülende.
Auch das Löschen von Bindungen/Atomen funktioniert nicht durch "mit der Maus drübergehen und Entf drücken". Es wird wieder das zuletzt gezeichnete Element gelöscht.

Ich habe zwar die Vorlage gefunden, die eine Bindung "nach hinten" andeuten soll (quergestrichelte Bindung), aber ich bräuchte eine "quergestrichelte, keilförmige" Bindung. also genau wie die schwarze Bindung nach vorne, nur eben gestrichelt.
Dann verstehe ich nicht den Unterschied der 3 verschiedenen Postscript-Exportfunktionen (finde nichts gescheites im Netz - aber klappt ja trotzdem!).
Ein Tool zum automatisierten Optimieren einer Struktur wäre praktisch.
Die gebogenen Pfeile sind nicht wirklich komfortabel formbar.

Aber ich sehe große Fortschritte - nice! Das Tool zum 3D-ausrichten ist super. Und die mögliche Verwendung mehrerer Tabs ist klasse.

EDIT: Ein Grid und große _runde_ Klammern wären toll. (Man kann nur eckige klammern "zeichen".)
Und kann man die Arbeitsfläche (A4-Papier) vergrößert anzeigen lassen?

[Fabian.]

Für 3D-Moleküle (sowohl Proteine als auch niedermolekulare Verbindungen) eignet sich PyMol sehr gut. Ist über aptitude installierbar und um viele/eigene Scripte erweiterbar.
Beispielbilder (zugegeben teilweise etwas übertrieben) nach sehr kurzer Einarbeitungszeit:
http://www.students.uni-marburg.de/~Mitschan/pix/pymol/

[Fabian.]

Scheinbar/angeblich gibt es einen neuen 2D-Editor, der Chemdraw Dateien voll unterstützt!

http://www.chemdoodle.com/

Läuft unter Linux und kostet nur 60 Euro. Wenn ich nächste Woche Zeit habe, werde ich mal die Trial testen.

Diese Software sieht sehr vielversprechend aus: Viel moderner und konfigurierbarer als Chemdraw UND es wird in großem Tempo an Verbesserungen gearbeitet!

Hoffentlich kommt bald eine gute NMR-Simulation dazu!

EDIT: Klasse, es scheint kostenlose H-NMR- und C-NMR-Simulation der gleichen Firma zu geben!
http://www.hnmrazor.com/
http://www.cnmrazor.com/

Und diese sollen bald in Chemdoodle integriert werden.

[Fabian.]

Die auf Java aufbauende "Molecular Workbench"
http://mw.concord.org/modeler/
ist frei downloadbar und ermöglicht diverseste Berechnungen und Simulationen. Muss selbst erst noch durchsteigen, aber es ist scheinbar eine sehr mächtige Umgebung. Physik, Thermodynamik, Quantenmechanik usw.. - irgendwie ist das alles möglich.