Wenn teilweise ping6 plötzlich nicht mehr funktioniert

[elysium]

Hallo Zusammen

Betrifft Debian 7.5
Ich komme bei diesem Problem nicht mehr weiter. Mein Server kann selbst teilweise - weniger als 50% erfolgschance - keine IPv6 auflösen (bzw. direkt nach der auflösung auch zu kontaktieren), oder es dauert länger als 5 Sekunden, eher 30-60 Sekunden was eigentlich unbrauchbar ist.
So bleibt er oft einfach mal stehen bei z.b.:

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root@server:/etc/bind# apt-get update
75% [Connecting to ftp.ch.debian.org (2001:67c:10ec:3dd1::42)]

Wobei das kein Dauerzustand ist, je nach dem klappt es später für eine kurze Zeit wieder schnell und problemlos.
Auch ping6 bleibt dann einfach stehen

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root@server:/etc/bind# ping6 ftp.ch.debian.org
PING ftp.ch.debian.org(plattenberg.ethz.ch) 56 data bytes

Den Inhalt von /etc/resolv.conf habe ich bewusst auf nur nameserver 127.0.0.1 reduziert, bis es wieder ordentlich damit funktioniert. ping6 klappt aber auch mit externen DNS Servern nur sporadisch - gleiches Fehlerverhalten.
Meine Bind named.conf.options:

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listen-on-v6 { any; };
listen-on { 127.0.0.1; 37.[entfernt].[entfernt].[entfernt]; };
allow-recursion { 127.0.0.1; };
allow-query { any; };
allow-query-cache { localhost; localnets; };

Da ich seit rund 2 Wochen ohne mir ersichtlichen Grund mit dem Problem kämpfe frage ich hier.
Ja , der Webserver dient auch als eigener primary NameServer für diverse Zonen.

Wie würdet Ihr hier troubleshooten & vorgehen? IPv6 komplett deaktivieren hilft ja nicht auf Dauer..

Danke für Hilfe & Tipps im Voraus
Grüsse