Diese Vorgehensweise einer Sicherung hat mir noch nie gefallen. Das größte Problem ist eigentlich, dass aufgrund der Zieldateiliste und selbst aufgrund der Protokolldatei (die du hoffentlich täglich liest) nicht erkennbar ist ob auf dem Zielsystem überhaupt alle Dateien korrekt angekommen sind. Das schlimmste an einem Backup ist wenn man NICHT versteht was passiert. Dann kann man es gleich wegwerfen.
Es macht mehr Sinn auf dem Ziel für jeden Tag (oder jede Sicherung) einen eigenen Ordner mit allen Dateien der (aktuellen) Quellstruktur zu haben. Aufgrund von Hardlinks braucht das kaum mehr Speicher als deine Lösung, da die scheinbar mehrfach vorhandenen Dateien eigentlich alle die gleiche Inode haben und somit auf den selben Speicher verweisen. Natürlich musst du die Ordner rotieren lassen bzw. von Zeit zu Zeit löschen.
Schau dir mein Script an, welches ich zu dem Zweck mal geschrieben habe:
http://wiki.ubuntuusers.de/Skripte/Backup_mit_RSYNC
Vielleicht kannst du dein paar interessante Optionen rauskopieren.