boost::mpi für Lenny

[alexander_ro]

Hi,

ich suche gerade für Lenny die Boost MPI Lib und finde keine. Die Includedateien sind da und der Compiler macht das brav nur Mekert der Linker rum weil ihm was zum verlinken fehlt. Kann mir vielleicht einer von euch einen Tipp geben wie das fehlende Paket heißt?

Grüße
Alexander

[gms]

das Paket heißt "libboost-mpi-dev", das ist ein virtuelles Paket über das dann die aktuelle Version installiert wird ( z.B "libboost-mpi1.40-dev" )

Gruß
gms

[alexander_ro]

Der sagt mir das gibts nicht

Code: Alles auswählen

dionyso:/home/alex# apt-get install libboost-mpi-dev
Paketlisten werden gelesen... Fertig
Abhängigkeitsbaum wird aufgebaut       
Lese Status-Informationen ein... Fertig
E: Konnte Paket libboost-mpi-dev nicht finden

[gms]

aja Boost.MPI gibts erst seit Boost Version 1.35 und in Lenny ist nur 1.34 vorhanden

[alexander_ro]

Also das ist seltsam, weil ja die Includedateien vorhanden sind.

Das ist das was ich installiert hab. Es steht zumindest 1.35 dabei:

Code: Alles auswählen

dionyso:/home/alex# dpkg -l | grep libboost
ii  libboost-date-time1.35-dev          1.35.0-5                   set of date-time libraries based on generic programming concep
ii  libboost-date-time1.35.0            1.35.0-5                   set of date-time libraries based on generic programming concep
ii  libboost-filesystem1.35-dev         1.35.0-5                   filesystem operations (portable paths, iteration over director
ii  libboost-filesystem1.35.0           1.35.0-5                   filesystem operations (portable paths, iteration over director
ii  libboost-graph1.35-dev              1.35.0-5                   generic graph components and algorithms in C++
ii  libboost-graph1.35.0                1.35.0-5                   generic graph components and algorithms in C++
ii  libboost-iostreams1.35-dev          1.35.0-5                   Boost.Iostreams Library development files
ii  libboost-iostreams1.35.0            1.35.0-5                   Boost.Iostreams Library
ii  libboost-program-options1.35-dev    1.35.0-5                   program options library for C++
ii  libboost-program-options1.35.0      1.35.0-5                   program options library for C++
ii  libboost-python1.35-dev             1.35.0-5                   Boost.Python Library development files
ii  libboost-python1.35.0               1.35.0-5                   Boost.Python Library
ii  libboost-regex1.35-dev              1.35.0-5                   regular expression library for C++
ii  libboost-regex1.35.0                1.35.0-5                   regular expression library for C++
ii  libboost-serialization1.35-dev      1.35.0-5                   serialization library for C++
ii  libboost-serialization1.35.0        1.35.0-5                   serialization library for C++
ii  libboost-signals1.35-dev            1.35.0-5                   managed signals and slots library for C++
ii  libboost-signals1.35.0              1.35.0-5                   managed signals and slots library for C++
ii  libboost-system1.35-dev             1.35.0-5                   Operating system (e.g. diagnostics support) library
ii  libboost-system1.35.0               1.35.0-5                   Operating system (e.g. diagnostics support) library
ii  libboost-test1.35-dev               1.35.0-5                   components for writing and executing test suites
ii  libboost-test1.35.0                 1.35.0-5                   components for writing and executing test suites
ii  libboost-thread1.35-dev             1.35.0-5                   portable C++ multi-threading
ii  libboost-thread1.35.0               1.35.0-5                   portable C++ multi-threading
ii  libboost-wave1.35-dev               1.35.0-5                   C99/C++ preprocessor library
ii  libboost-wave1.35.0                 1.35.0-5                   C99/C++ preprocessor library
ii  libboost1.35-dev                    1.35.0-5                   Boost C++ Libraries development files
ii  libboost1.35-doc                    1.35.0-5                   Boost.org libraries documentation

Das sollten die Orginal-Pakete von Lenny sein. Laut meiner Sourcelist könnte er auch andere nicht finden.
»filesystem« und »regex« Benutze ich schon die funktionieren auch wunderbar.

[gms]

nochmals "aja", ich hatte nur nach der Version vom "libboost-dev" Paket geguckt und die ist in Lenny 1.34

poste doch bitte einmal die Ausgabe von "dpkg -L libboost1.35-dev", aber ich befürchte daß dieses Paket unvollständig sein wird, und diese Library fehlt

[gms]

diese Ausgabe brauchen wir nicht,

The MPI libraries are available in Debian since Boost 1.37

Gruß
gms

[alexander_ro]

Nicht gut gar nicht gut ...

Danke für Deine Hilfe dann muß ich mal gucken was ich da mache.

[schorsch_76]

Nicht gut gar nicht gut ...

Danke für Deine Hilfe dann muß ich mal gucken was ich da mache.

Hi,

ich nutzen auch viel boost und habe deshalb die boostpackete aus testing installiert per apt-pinning. In testing ist boost 1.40.0 enthalten.

Gruß

schorsch

[alexander_ro]

Danke für den Tipp. Das mit dem Apt-Pinning ist mir noch etwas suspect, bisher hab ich es noch nicht benutzt.
Ich hab mal ein bisschen gelesen und würde es so machen:

Code: Alles auswählen

# In die /etc/apt/preferences (hab das grad nochmal geändert):
Package: *
Pin: release a=stable
Pin-Priority: 999

Package: libboost-mpi*
Pin: release a=testing, v=1.40*
Pin-Priority: 800

# In die Source-List:
deb http://ftp.de.debian.org/debian squeeze main contrib non-free
deb-src http://ftp.de.debian.org/debian squeeze main contrib non-free

# ... und dann
apt-get update
apt-get install libboost-mpi

Sehe ich das so richtig oder hab ich da was übersehen?

P.S.: Ich hab grad die Einträge für »preferences« geändert. Dort muß man ja noch
festlegen was für eine Quelle für alle anderen Pakete gelten soll.

[schorsch_76]

Hi alexander_ro,

zum apt-pinning kann ich die diese 2 Links empfehlen [1] und [2]. Unter [3] ist mein Thread zum apt-pinning

Für apt-pinning musst du für die verschiedenen Quellen angeben welche Prio diese haben. Meine /etc/apt/preferences sieht so aus:

Code: Alles auswählen

Package: *
Pin: release a=stable
Pin-Priority: 700

Package: *
Pin: release a=testing
Pin-Priority: 650

Package: *
Pin: release a=unstable
Pin-Priority: 600

und in die /etc/apt/sources.list musst du natürlich die Pfade für testing und unstabe eintragen.

Um dann die libboost Packete zu installieren

Code: Alles auswählen

apt-get install libboost-mpi1.40-dev/testing

Lies dir aber dazu die Links an

Gruß

schorsch

[1] http://jaqque.sbih.org/kplug/apt-pinning.html
[2] http://wiki.debian.org/AptPinning
[3] http://debianforum.de/forum/viewtopic.php?f=27&t=115691

[alexander_ro]

Hi Schorsch,

die ersten zwei Links hatte ich auch schon gefunden. Meine Idee war nachdem man ja auch Pakete angeben kann das auf das nötige Paket zu beschränken. Wobei ich beim testen wann was installiert würde schon festgestellt hab das es nur geht wenn man die libboost komplett (nicht nur libboost-mpi1.40-dev) aus testing verwendet. Nach ein bisschen überlegen bin ich mir aber auch nicht mehr sicher ob das wirklich einen Mehrwert bietet.

Gruß
Alexander

[schorsch_76]

Wiso willst du einen Teil deines Programms mit 1.40.0 machen und einen anderen Teil mit <1.40.0. Das macht doch keinen Sinn. Persönlich hab ich das "alte" boost komplett vond er Platte gepurgt und dann boost 1.40.0 komplett aus testing installiert.

Eine andere Alternative wäre in deinem home ein boost zu legen und dann BOOST_ROOT zu setzen. Du lädst das aktuelle Bosot von http://www.boost.org Entpackst das Zeug und baust dir dann wie folgt deine Libs

Code: Alles auswählen

bjam -j4 --layout=versioned --build-type=complete stage 
rm -Rf bin.v2

Danach kannst du boost nutzen indem du zu deinen includes $(BOOST_ROOT) hinzufügst und zu deinen Librarypfaden $(BOOST_ROOT)/stage/lib

Was waren dein deine Bedenken, weshalb du boost nicht aus testing nehmen willst? Boost ist doch "rocksolid". Gibt ja jetzt eh schon die nächste Version 1.41.0. Ich muss ehrlich sagen, ohne boost käme ich in der arbeit nicht mehr zu recht

Gruß

schorsch

[alexander_ro]

Boost benutze ich noch nicht so lange. Ich hatte früher für sehr ähnliche Dinge eigene Klassen in C++ geschrieben. Da gab es noch kein Boost und jetzt versuche ich meine Programme bei Änderungen langsam auf Boost umzubauen. Die Performence ist bei Boost besser aber die Schnittstellen waren bei meinen Klassen viel schöner .

Bisher hab ich auch OpenMpi direkt verwendet. Ich weiss nicht wie gut die Boost.Mpi ist aber das wird sich zeigen. Wenn Du damit Erfahrung hast würde mich auch Deine Meinung interessieren? Vor allem wie vollständig die möglichkeiten von OpenMpi umgesetz sind.

Ja hab ich jetzt so gemacht, das alte Boost entfernt und dann das neue installiert. Wenn man das alte nicht vorher entfernt kommt die Paketverwaltung mit dem auflösen der Abhängigkeiten nicht gut zurecht. Nachdem die einzelnen Boost-Teile eigene Pakete sind dachte ich man könnte nur den Teil installieren der mir in der alten fehlte. Das geht aber nicht, vermutlich weil die Headerdateien dann durcheinander geraten. Die Binarys der alten Version könnte man aber weiter benutzen macht dann aber auch keinen Sinn mehr in meinem Fall.

Ich hab nicht wirklich bedenken wegen einer neueren Boost-Version. Ich Versuche aber wenn möglich immer nahe an der stabilen Version von Debian zu bleiben dann machen mir die netten Menschen des Debian Projekts die Pakete oder Sicherheitsupdates und ich muß es nicht selbst tun.

Gruß
Alexander

[schorsch_76]

Hi alexander_ro,

also intensivst nutze ich aus boost: threads, date_time, serialization und interprocess (shared memory). Mit MPI selbst habe ich noch nicht gearbeitet. Wenn du Fragen zu den genannten Libs hast, kannst mich gern löchern

Zu den Packeten: Seit ich boost aus testing installiert habe, hatte ich noch keinerlei Updates dieser Libs. Ich nutze auch die Libs aus den Debian Repos, damit mir die lieben Leute die Arbeit abnehmen Zur Stabilität von boost: Ich bin begeistert und das schon seit 1.33

Du kannst einzelne Packete installieren, ja, ABER: Einige Libs benötigen andere zum funktionieren, deshalb haben diese einige Abhängigkeiten untereinander. Momentan ist bei mir das komplette 1.40 Packet aus testing installiert.

Gruß

schorsch

[alexander_ro]

Hi Schorsch,

ich habs jetzt zum laufen bekommen. War ein bisschen mühsam bis alles ging weil bei dem MPI Teil auch das OpenMpi mit von testing installiert wird und ich da noch das alte drauf hatte. Nach ein wenig Pakete installieren und entfernen ging es dann. Das Testprogramm von der Boost.MPI Seite tut jetzt . Für interprocess Komunikation hab ich ja MPI. Das Teil ist echt cool weil es selbst den schnellsten Weg zum nächsten Prozess sucht. Laufen die auf der gleichen Maschine dann wird über den Speicher komuniziert und wenn nicht dann über eine Netzwerkverbindung. So kann man wenns sein muß den ganzen Maschinenpark mit arbeit beschäftigen.

Was ich bisher noch verwende ist Boost.Regex und Boost.Filesystem sonst hab ich noch nichts in Verwendung.
Was mir grad noch fehlt ist eine möglichkeit die Auslastung eines Systems festzustellen. Damit meine MPI Programme wissen was sie dem Server an arbeit noch zu schieben dürfen. Ich hab da beim Ruminstallieren mal etwas von einer libboost-system oder so gelesen. Muß aber erst noch in der Doku schmöckern was es damit auf sich hat.

Wegen der anderen Boost Teile wäre es gut möglich das Du nochmal von mir höhrst und danke für die Hilfe das wäre sonst sicher nicht so schnell gegangen.

Grüße
Alexander

[alexander_ro]

Hallo Debianer ,

jetzt habe ich doch noch ein kleines Problem mit der Installation von libboost-mpi aus Testing unter Lenny. Ich bräuchte noch die ebenfalls zu boost gehöhrende libasio-dev. Wenn ich das zu installieren versuche will er die libboost-mpi aus testing wieder entfernen.

Code: Alles auswählen

# So hab ich es versucht:
apt-get install libasio-dev/testing

Grüße
Alexander

[schorsch_76]

Hi Alexander,

will er es entfernen weil es nicht mehr benötigt wird? Welche Meldung gibt dir denn dein Lenny?

Gruß

schorsch

[gms]

aptitude ist da besser mit auflösen von Abhängigkeiten, versuche einmal:

Code: Alles auswählen

aptitude -t testing install libboost-mpi-dev libasio-dev

Gruß
gms

[alexander_ro]

Danke für die Antworten.

Folgendes geben die zwei Befehle aus:

Code: Alles auswählen

dionyso:/home/alex# apt-get install libasio-dev/testing
Paketlisten werden gelesen... Fertig
Abhängigkeitsbaum wird aufgebaut       
Lese Status-Informationen ein... Fertig
Gewählte Version 1.4.1-3 (Debian:testing) für libasio-dev
Die folgenden Pakete wurden automatisch installiert und werden nicht länger benötigt:
  libicu42 libboost-system1.40.0 libboost-regex1.40.0 mpi-default-dev libboost-filesystem1.40.0
Verwenden Sie »apt-get autoremove«, um sie zu entfernen.
Die folgenden zusätzlichen Pakete werden installiert:
  libasio-dev libboost-date-time-dev libboost-date-time1.34.1 libboost-dev libboost-doc libboost-filesystem-dev libboost-filesystem1.34.1
  libboost-graph-dev libboost-graph1.34.1 libboost-iostreams-dev libboost-iostreams1.34.1 libboost-program-options-dev
  libboost-program-options1.34.1 libboost-python-dev libboost-python1.34.1 libboost-regex-dev libboost-regex1.34.1 libboost-serialization-dev
  libboost-serialization1.34.1 libboost-signals-dev libboost-signals1.34.1 libboost-test-dev libboost-test1.34.1 libboost-thread-dev
  libboost-thread1.34.1 libboost-wave-dev libboost-wave1.34.1 python-dev python2.5-dev
Vorgeschlagene Pakete:
  graphviz
Die folgenden Pakete werden ENTFERNT:
  libboost-filesystem1.40-dev libboost-mpi1.40-dev libboost-regex1.40-dev libboost-serialization1.40-dev libboost-system1.40-dev
  libboost1.40-dev
Die folgenden NEUEN Pakete werden installiert:
  libasio-dev libboost-date-time-dev libboost-date-time1.34.1 libboost-dev libboost-doc libboost-filesystem-dev libboost-filesystem1.34.1
  libboost-graph-dev libboost-graph1.34.1 libboost-iostreams-dev libboost-iostreams1.34.1 libboost-program-options-dev
  libboost-program-options1.34.1 libboost-python-dev libboost-python1.34.1 libboost-regex-dev libboost-regex1.34.1 libboost-serialization-dev
  libboost-serialization1.34.1 libboost-signals-dev libboost-signals1.34.1 libboost-test-dev libboost-test1.34.1 libboost-thread-dev
  libboost-thread1.34.1 libboost-wave-dev libboost-wave1.34.1 python-dev python2.5-dev
0 aktualisiert, 29 neu installiert, 6 zu entfernen und 0 nicht aktualisiert.
Es müssen noch 26,8MB von 29,0MB an Archiven heruntergeladen werden.
Nach dieser Operation werden 77,3MB Plattenplatz zusätzlich benutzt.
Möchten Sie fortfahren [J/n]? n
Abbruch.

und das der von gms vorgeschlagene:

Code: Alles auswählen

dionyso:/home/alex# aptitude -t testing install libboost-mpi-dev libasio-dev
Paketlisten werden gelesen... Fertig
Abhängigkeitsbaum wird aufgebaut       
Lese Status-Informationen ein... Fertig
Lese erweiterte Statusinformationen      
Initialisiere Paketstatus... Fertig
Lese Task-Beschreibungen... Fertig 
Die folgenden Pakete sind KAPUTT:
  libboost-filesystem1.40-dev libboost-mpi1.40-dev libboost-regex1.40-dev libboost-serialization1.40-dev libboost-system1.40-dev 
Die folgenden NEUEN Pakete werden zusätzlich installiert:
  gccxml{a} libasio-dev libboost-date-time1.35-dev{a} libboost-date-time1.35.0{a} libboost-filesystem1.35-dev{a} 
  libboost-filesystem1.35.0{a} libboost-graph1.35-dev{a} libboost-graph1.35.0{a} libboost-iostreams1.35-dev{a} libboost-iostreams1.35.0{a} 
  libboost-mpi-dev libboost-program-options1.35-dev{a} libboost-program-options1.35.0{a} libboost-python1.35-dev{a} 
  libboost-python1.35.0{a} libboost-regex1.35-dev{a} libboost-regex1.35.0{a} libboost-serialization1.35-dev{a} 
  libboost-serialization1.35.0{a} libboost-signals1.35-dev{a} libboost-signals1.35.0{a} libboost-system1.35-dev{a} 
  libboost-system1.35.0{a} libboost-test1.35-dev{a} libboost-test1.35.0{a} libboost-thread1.35-dev{a} libboost-thread1.35.0{a} 
  libboost-wave1.35-dev{a} libboost-wave1.35.0{a} libboost1.35-dev{a} libboost1.35-doc{a} python-celementtree{a} python-dev{a} 
  python-elementtree{a} python-support{a} python2.5-dev{a} 
Die folgenden Pakete werden ENTFERNT:
  libboost1.40-dev{a} 
0 Pakete aktualisiert, 36 zusätzlich installiert, 1 werden entfernt und 0 nicht aktualisiert.
Muss 1826B/46,9MB an Archiven herunterladen. Nach dem Entpacken werden 191MB zusätzlich belegt sein.
Die folgenden Pakete haben verletzte Abhängigkeiten:
  libboost-serialization1.40-dev: Hängt ab: libboost1.40-dev (= 1.40.0-4) ist aber nicht installationsfähig
                                  Kollidiert: libboost-serialization1.35-dev aber 1.35.0-5 soll installiert werden.
  libboost-filesystem1.40-dev: Hängt ab: libboost1.40-dev (= 1.40.0-4) ist aber nicht installationsfähig
                               Kollidiert: libboost-filesystem1.35-dev aber 1.35.0-5 soll installiert werden.
  libboost-regex1.40-dev: Hängt ab: libboost1.40-dev (= 1.40.0-4) ist aber nicht installationsfähig
                          Kollidiert: libboost-regex1.35-dev aber 1.35.0-5 soll installiert werden.
  libboost-mpi1.40-dev: Hängt ab: libboost1.40-dev (= 1.40.0-4) ist aber nicht installationsfähig
  libboost-system1.40-dev: Hängt ab: libboost1.40-dev (= 1.40.0-4) ist aber nicht installationsfähig
Die folgenden Aktionen werden diese Abhängigkeiten auflösen:

Installiere die folgenden Pakete:
libboost-dev [1.40.0.1 (testing)]

Beibehalten der folgenden Pakete in ihrer aktuellen Version:
libboost-date-time1.35-dev [Nicht installiert]
libboost-filesystem1.35-dev [Nicht installiert]
libboost-graph1.35-dev [Nicht installiert]
libboost-iostreams1.35-dev [Nicht installiert]
libboost-program-options1.35-dev [Nicht installiert]
libboost-python1.35-dev [Nicht installiert]
libboost-regex1.35-dev [Nicht installiert]
libboost-serialization1.35-dev [Nicht installiert]
libboost-signals1.35-dev [Nicht installiert]
libboost-system1.35-dev [Nicht installiert]
libboost-test1.35-dev [Nicht installiert]
libboost-thread1.35-dev [Nicht installiert]
libboost-wave1.35-dev [Nicht installiert]
libboost1.35-dev [Nicht installiert]
libboost1.40-dev [1.40.0-4 (testing, now)]

Bewertungsnote beträgt 218

Diese Lösung akzeptieren? [Y/n/q/?] q
Alle Anstrengungen, diese Abhängigkeiten aufzulösen, aufgegeben.
Abbruch.

Die weiteren Vorschläge die aptitude macht sind auch nicht wirklich besser.

Gruß
Alexander

[schorsch_76]

Es scheint in Squeeze das update auf boost 1.41 angekommen zu sein. Deshalb will er das "alte" boost:mpi (1.40) deinstallieren.

Gruß

schorsch

[alexander_ro]

Der will aber doch 1.35 installieren und nicht 1.41. Ich hab auch mal mit der Paketsuche auf der Debianseite nachgeschaut und nichts neueres als die 1.40 gefunden.

Gruß
Alexander

[schorsch_76]

Du kannst explizit über "libboost-asio1.35-dev" die 1.35 auswählen.

Gruß

schorsch

[alexander_ro]

So meinte ich das nicht. Der apt-get oder der aptitude will die 1.35 installieren nicht ich. Ich brauch ja wegen der libboost-mpi die neuere. Mpi gibts ja bei der alten nicht. Aber scheinbar gibts die libasio bei der 1.40 nicht. Ist irgendwie verrückt. Ich versteh auch nicht ganz warum die anderen libboost-xxx... heissen und das Teil für Netzwerk dann libasio. Gehöhrt doch auch zu dem ganzen Boost krempel.

Grüße
Alexander

[schorsch_76]

Hi Alexander_ro,

hab mir das ganze grad nochmal angeschaut:

http://packages.debian.org/squeeze/libboost1.40-dev

For the following subprojects separate packages exist: date-time, filesystem, graph, iostreams, math, mpi, program_options, python, regex, serialization, signals, system, test, thread, and wave.

Boost::asio ist header only. Benötigt aber trotzdem einige Bibliotheken. Ergo sollte boost::asio in libboost1.40-dev enthalten sein.

EDIT: Die libasio-dev: Darauf fusst die boost::asio. Deshalb wird sie benötigt.

Gruß

schorsch