Ich weiß jetzt nicht welches Debian 64bit Du benutzt (Etch, Lenny oder Sid), aber ich benutze Debian 64bit Lenny und dort befindet sich in den Repositories ein Packet Namens
flashplugin-nonfree
Damit ist das Problem mit Flash schon erledigt.
Wenns um andere Programme geht so kann man .deb Packete z.B. per
dpkg --force-architecture -i
installieren.
Das setzt aber vorraus das
ia32-libs und ia32-libs-gtk
installiert sind.