Siehe auch:http://www.heise.de/ct/05/03/082/"Unter Windows 2000 und Nachfolgern darf der Benutzer mit der eingebauten Funktion „Formatieren“ maximal 32 GiB große FAT32-Dateisysteme neu erstellen (von Microsoft gewünschte Beschränkung, um NTFS zu fördern, siehe Weblinks). Auch das Kommandozeilen-Programm format.com (im System32-Verzeichnis, Aufruf z. B. format x: /fs:fat32) hat diese Beschränkung. Der Zugriff auf größere FAT32-Dateisysteme, die mit alternativen Werkzeugen (wie z. B. mit dem Befehl mkdosfs unter Knoppix bzw. Linux, h2format von Heise c't (kann nur formatieren, nicht partitionieren; siehe Weblinks), oder einem neuen DOS) erstellt wurden, ist aber immer möglich. Auch das Festplatten-Dienstprogramm von Mac OS X 10.4 kann auf Festplatten, die größer als 32 GB sind, eine oder mehrere übergroße FAT32-Partitionen erzeugen."
Um aber dein Problem etwas einzugrenzen: verwendest du den debian default Kernel?
btw: für vfat im Allgeimeinen empfehl ich dir folgenden Artikel:
http://www.pro-linux.de/t_system/vfat-tipps.html