Also ich andere die Einstellungen immer über die Datei ~/.Xdefaults. Wenn die Datei nicht existiert, dann kannst Du diese einfach anlegen.
Bei mir steht derzeit folgendes drin:
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XTerm*background: white
XTerm*foreground: black
XTerm*font: -xos4-terminus-medium-r-normal--12-120-72-72-c-60-iso8859-15
XTerm*boldFont: -xos4-terminus-bold-r-normal--12-120-72-72-c-60-iso8859-15
XTerm*font1: -xos4-terminus-medium-r-normal--12-120-72-72-c-60-iso8859-15
XTerm*font2: -xos4-terminus-medium-r-normal--14-140-72-72-c-80-iso8859-15
XTerm*font3: -xos4-terminus-medium-r-normal--16-160-72-72-c-80-iso8859-15
XTerm*font4: -xos4-terminus-medium-r-normal--20-200-72-72-c-100-iso8859-15
XTerm*font5: -xos4-terminus-medium-r-normal--24-240-72-72-c-120-iso8859-15
XTerm*font6: -xos4-terminus-medium-r-normal--28-280-72-72-c-140-iso8859-15
XTerm*scrollBar: False
XTerm*saveLines: 5000
Also grundsätzlich schwarz auf weiß und ein geänderter Standard-Font (Terminus, gibt es als Debian-Paket)
Laden kannst Du die Einstellungen dann mittels xrdb, z.B. mittels
in einem Autostart-Skript. Mit Gnome kenne ich mich leider nicht wirklich aus, so dass ich dir nicht sagen kann, wie man den Autostart einrichtet bzw evtl läd Gnome die Datei auch standardmäßig.