apt update hängt mehrfach für 5min

[ceebes]

Hallo zusammen
OS: Debian 10 (4.19.0-16-amd64) - native Installation

Nachdem ich ein "apt upgrade" ausgeführt habe, blieb der Update Prozess 3 mal für ziemlich genau 5min stehen.
Zeitlich passen diese Logs ziemlich zu diesem Phänomen:

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08.04 11:06:22 root|xyz:~$ grep "Failed" /var/log/syslog
Apr  8 08:31:44 xyz systemd[1]: Failed to get initial list of names: Connection timed out
Apr  8 08:33:14 xyz systemd[1]: Failed to get initial list of names: Connection timed out
Apr  8 08:34:45 xyz systemd[1]: Failed to get initial list of names: Connection timed out
Apr  8 08:36:15 xyz systemd[1]: Failed to get initial list of names: Connection timed out

Netzwerk issues usw. kann ich ausschliessen.

Ich habe zudem dieses Phänomen auch schon bei Ubuntu 18.04 Servern erlebt. Diese sind jedoch jeweils für ca. 15min im Update Prozess stehen geblieben. Nachdem ich jeweils den dbus Prozess gekillt habe, hat dann alles wieder flüssig funktioniert.

Folgende Pakete wurden heute morgen aktualisiert:

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08.04 11:07:38 root|xyz:~$ grep " installed" /var/log/dpkg.log
2021-04-08 08:25:42 status installed base-files:amd64 10.3+deb10u9
2021-04-08 08:25:42 status installed libsystemd0:amd64 241-7~deb10u7
2021-04-08 08:25:44 status installed libudev1:amd64 241-7~deb10u7
2021-04-08 08:30:14 status installed systemd:amd64 241-7~deb10u7
2021-04-08 08:30:16 status installed debian-archive-keyring:all 2019.1+deb10u1
2021-04-08 08:30:33 status installed linux-image-4.19.0-16-amd64:amd64 4.19.181-1
2021-04-08 08:30:33 status installed systemd-sysv:amd64 241-7~deb10u7
2021-04-08 08:30:33 status installed libssl1.1:amd64 1.1.1d-0+deb10u6
2021-04-08 08:30:33 status installed linux-libc-dev:amd64 4.19.181-1
2021-04-08 08:30:33 status installed libnss-systemd:amd64 241-7~deb10u7
2021-04-08 08:30:33 status installed libcurl3-gnutls:amd64 7.64.0-4+deb10u2
2021-04-08 08:30:33 status installed linux-image-amd64:amd64 4.19+105+deb10u11
2021-04-08 08:30:33 status installed libpython3.7-minimal:amd64 3.7.3-2+deb10u3
2021-04-08 08:30:33 status installed libssl-dev:amd64 1.1.1d-0+deb10u6
2021-04-08 08:36:15 status installed udev:amd64 241-7~deb10u7
2021-04-08 08:36:15 status installed python3.7-minimal:amd64 3.7.3-2+deb10u3
2021-04-08 08:36:15 status installed groff-base:amd64 1.22.4-3+deb10u1
2021-04-08 08:36:15 status installed libpam-systemd:amd64 241-7~deb10u7
2021-04-08 08:36:15 status installed libcurl4:amd64 7.64.0-4+deb10u2
2021-04-08 08:36:15 status installed curl:amd64 7.64.0-4+deb10u2
2021-04-08 08:36:15 status installed openssl:amd64 1.1.1d-0+deb10u6
2021-04-08 08:36:15 status installed libbsd0:amd64 0.9.1-2+deb10u1
2021-04-08 08:36:15 status installed iputils-ping:amd64 3:20180629-2+deb10u2
2021-04-08 08:36:15 status installed libpython3.7-stdlib:amd64 3.7.3-2+deb10u3
2021-04-08 08:36:16 status installed python3.7:amd64 3.7.3-2+deb10u3
2021-04-08 08:36:16 status installed libc-bin:amd64 2.28-10
2021-04-08 08:36:18 status installed man-db:amd64 2.8.5-2
2021-04-08 08:41:21 status installed dbus:amd64 1.12.20-0+deb10u1
2021-04-08 08:41:21 status installed mime-support:all 3.62
2021-04-08 08:41:30 status installed initramfs-tools:all 0.133+deb10u1

Ist jemanden so ein Verhalten auch schon aufgefallen??

Vielen Dank und Gruss A

[Blackbox]

Für den Einstieg.
Du könntest noch den Inhalt deiner

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/etc/apt/sources.list

zur Verfügung stellen.
Eventuell hast du einfach nur langsame Server erwischt?
Lieber mehr Informationen zum System bzw. zur Konfiguration liefern, als zu wenig.
Das zeigt das du dich vorher schon einmal informiert hast, dann hilft man gleich viel lieber, weil man davon ausgehen kann, dass Interesse besteht, etwas lernen zu wollen.

[ceebes]

Jo klar doch schicke ich noch die sources.list:

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10.04 09:48:24 root|xyz:~$ cat /etc/apt/sources.list
deb http://pkg.adfinis-sygroup.ch/debian/ buster main
deb-src http://pkg.adfinis-sygroup.ch/debian/ buster main

deb http://security.debian.org/debian-security buster/updates main
deb-src http://security.debian.org/debian-security buster/updates main

deb http://pkg.adfinis-sygroup.ch/debian/ buster-updates main
deb-src http://pkg.adfinis-sygroup.ch/debian/ buster-updates main

GIbts da was auffälliges?

Und falls dich noch die Latenz interessiert....:

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10.04 09:48:58 root|xyz:~$ ping pkg.adfinis-sygroup.ch
PING pkg.adfinis-sygroup.ch(sr-adsy-mirrors-01.adfinis-sygroup.ch (2001:618:1:129::165)) 56 data bytes
64 bytes from sr-adsy-mirrors-01.adfinis-sygroup.ch (2001:618:1:129::165): icmp_seq=1 ttl=58 time=4.44 ms
64 bytes from sr-adsy-mirrors-01.adfinis-sygroup.ch (2001:618:1:129::165): icmp_seq=2 ttl=58 time=3.99 ms
64 bytes from sr-adsy-mirrors-01.adfinis-sygroup.ch (2001:618:1:129::165): icmp_seq=3 ttl=58 time=3.98 ms
64 bytes from sr-adsy-mirrors-01.adfinis-sygroup.ch (2001:618:1:129::165): icmp_seq=4 ttl=58 time=3.95 ms
64 bytes from sr-adsy-mirrors-01.adfinis-sygroup.ch (2001:618:1:129::165): icmp_seq=5 ttl=58 time=3.93 ms

[Blackbox]

Ist das dein eigener Debian Mirror bzw. hast du Zugriff auf die Logfiles dieses Mirrors?

Die Meldung aus deinem syslog

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Apr  8 08:31:44 xyz systemd[1]: Failed to get initial list of names: Connection timed out

könnte auf ein Netzwerkproblem hindeuten?

[smutbert]

Mir kommt das bekannt vor und bei mir hatte ein ähnliches Problem nichts mit dem Netzwerk oä zu tun sondern irgendetwas mit systemd und möglicherweise dbus hat wegen falscher Rechte von / ganz und gar nicht funktioniert.

Hat die Installation irgendeine besondere Vergangenheit mit der sich etwas ähnliches erklären ließen (wurde das System beispielsweise schon einmal von einem Backup wiederhergestellt oder so)?

[Blackbox]

Mir kommt das bekannt vor und bei mir hatte ein ähnliches Problem nichts mit dem Netzwerk oä zu tun sondern irgendetwas mit systemd und möglicherweise dbus hat wegen falscher Rechte von / ganz und gar nicht funktioniert.

Interessanter Input, daran habe ich gar nicht gedacht, weil ich ein solches Problem noch nie hatte.

Hat die Installation irgendeine besondere Vergangenheit mit der sich etwas ähnliches erklären ließen (wurde das System beispielsweise schon einmal von einem Backup wiederhergestellt oder so)?

Du vermutest, dass das Problem ursächlich an einem Berechtigungsproblem liegen könnte?

[smutbert]

Für Vermutungen ist es mir zu früh, aber der Fehler ist schon merkwürdig und hat mich an mein damaliges Problem erinnert. (Bei mir waren es falsche Rechte von /, die beim Hantieren mit btrfs-Subvolumes entstanden sind, alles weiter unten in der Verzeichnishierarchie war ok und das hatte einige sehr merkwürdige Auswirkungen.)
Ob es genau dasselbe sein könnte wie bei mir, ließe sich durch ein einfaches

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ls -ld /

klären.

Dafür oder etwas ähnliches würde

Ich habe zudem dieses Phänomen auch schon bei Ubuntu 18.04 Servern erlebt. Diese sind jedoch jeweils für ca. 15min im Update Prozess stehen geblieben. Nachdem ich jeweils den dbus Prozess gekillt habe, hat dann alles wieder flüssig funktioniert.

sprechen, aber es kann ja auch etwas ganz anderes sein, nur glaube ich weniger an ein Netzwerkproblem, denn zumindest der Ping deutet ja auf keine Probleme hin. Trotzdem deuten die gleichbleibenden 5 bzw. 15 Minuten auf irgendeinen Timeout.

Die Namensauflösung (libnss → »/etc/nsswitch.conf«) ist meiner Erfahrung nach auch immer wieder für Überraschungen gut, aber so lange Timeouts an der Stelle wären mir neu.

[ceebes]

Sorry für meine Abwesenheit!

@Blackbox - nein, ist nicht mein mirror. Könnte möglich sein, jedoch hängt IMHO der Update Prozess beim installieren, nicht beim Download.

Ich tendiere eher auf @smutbert 's Input
- Das Debian ist nativ installiert, wobei mit Ansible konfiguriert. Zudem wurden fürs Login auch Anpassungen an den pam Settings vorgenommen, dass eine LDAP Auth usw. möglich ist.
- Die Rechte sehen ok aus würde ich sagen:

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14.04 09:07:56 root|xyz:~$ ls -ld /
drwxr-xr-x 18 root root 4096 Apr  8 08:30 /
14.04 09:07:58 root|xyz:~$ 

- hingegen der Input von nsswitch könnte hilfreich sein! Siehe mein Input von oben...

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14.04 09:07:58 root|xyz:~$ cat /etc/nsswitch.conf
##################
# Ansible managed
##################
# /etc/nsswitch.conf
#
# Example configuration of GNU Name Service Switch functionality.
# If you have the `glibc-doc-reference' and `info' packages installed, try:
# `info libc "Name Service Switch"' for information about this file.

passwd:         files ldap
group:          files ldap
shadow:         files ldap
gshadow:        files

hosts:          files dns
networks:       files

protocols:      db files
services:       db files
ethers:         db files
rpc:            db files

netgroup:       nis

Seltsam wäre jedoch, dass diese Timeouts nicht immer auftreten bei einem upgrade!
Grüsse A