Oder einfach auf dem Server ein screen laufen lassen. Nach Abbruch neu verbinden screen -dr und gut ist. Was anderes ist bei Wackelnetzen nicht wirklich sinnvoll.
Oder, was ich auch schon mal gebastelt hatte - dem Server die Befehle per e-mail schicken und dort auswerten, ausführen, Ergebnismail schreiben und zurücksenden. Ist natürlich etwas aufwendiger aber hat bei mir sogar für das Steueren einer Linux-Kiste aus dem IBM Großrechner Z/OS funktioniert.