APT Upgrade schlägt fehl (dpkg: nicht behebbarer fataler Fehler,)

[AndreNeustadt]

Hallo *,

ich wollte heute mein Debian Server (virtuelle Maschine) auf den aktuellsten Stand bringen. Wie immer benutze ich dafür die beiden Befehle "apt-get update und apt-get upgrade".
Leider kam es heute bei dem "Upgrade" zu einem Fehler welchen ich nicht beheben kann.

Kann mir weiter helfen=?

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apt-get upgrade
Paketlisten werden gelesen... Fertig
Abhängigkeitsbaum wird aufgebaut.
Statusinformationen werden eingelesen.... Fertig
Paketaktualisierung (Upgrade) wird berechnet... Die folgenden Pakete wurden automatisch installiert und werden nicht mehr benötigt:
  libuuid-perl linux-image-3.16.0-4-amd64 rlwrap
Verwenden Sie »apt-get autoremove«, um sie zu entfernen.
Fertig
Die folgenden Pakete werden aktualisiert (Upgrade):
  busybox libidn11 libssl1.0.0 linux-base openssl
5 aktualisiert, 0 neu installiert, 0 zu entfernen und 0 nicht aktualisiert.
Es müssen 2.258 kB an Archiven heruntergeladen werden.
Nach dieser Operation werden 101 kB Plattenplatz zusätzlich benutzt.
Möchten Sie fortfahren? [J/n] j
Holen: 1 http://security.debian.org/ jessie/updates/main libssl1.0.0 amd64 1.0.1t-1+deb8u9 [1.045 kB]
Holen: 2 http://security.debian.org/ jessie/updates/main libidn11 amd64 1.29-1+deb8u3 [137 kB]
Holen: 3 http://security.debian.org/ jessie/updates/main busybox amd64 1:1.22.0-9+deb8u2 [392 kB]
Holen: 4 http://security.debian.org/ jessie/updates/main linux-base all 4.5~deb8u1 [19,7 kB]
Holen: 5 http://security.debian.org/ jessie/updates/main openssl amd64 1.0.1t-1+deb8u9 [664 kB]
Es wurden 2.258 kB in 2 s geholt (1.005 kB/s).
Lese Changelogs... Fertig
Vorkonfiguration der Pakete ...
(Lese Datenbank ... 47267 Dateien und Verzeichnisse sind derzeit installiert.)
Vorbereitung zum Entpacken von .../libssl1.0.0_1.0.1t-1+deb8u9_amd64.deb ...
Entpacken von libssl1.0.0:amd64 (1.0.1t-1+deb8u9) über (1.0.1t-1+deb8u8) ...
Vorbereitung zum Entpacken von .../libidn11_1.29-1+deb8u3_amd64.deb ...
Entpacken von libidn11:amd64 (1.29-1+deb8u3) über (1.29-1+deb8u2) ...
Vorbereitung zum Entpacken von .../busybox_1%3a1.22.0-9+deb8u2_amd64.deb ...
Entpacken von busybox (1:1.22.0-9+deb8u2) über (1:1.22.0-9+deb8u1) ...
Vorbereitung zum Entpacken von .../linux-base_4.5~deb8u1_all.deb ...
Entpacken von linux-base (4.5~deb8u1) über (3.5) ...
Vorbereitung zum Entpacken von .../openssl_1.0.1t-1+deb8u9_amd64.deb ...
Entpacken von openssl (1.0.1t-1+deb8u9) über (1.0.1t-1+deb8u8) ...
Trigger für man-db (2.7.0.2-5) werden verarbeitet ...
gdbm fatal: write error
dpkg: nicht behebbarer fataler Fehler, Abbruch:
 Puffer des aktualisierten Status von »man-db« kann nicht geleert werden: Das Dateisystem ist nur lesbar
E: Sub-process /usr/bin/dpkg returned an error code (2)
E: Temporäres StateFile /var/lib/apt/extended_states.tmp konnte nicht geschrieben werden.

[eggy]

Puffer des aktualisierten Status von »man-db« kann nicht geleert werden: Das Dateisystem ist nur lesbar

Sieht so aus, als sei da was am Dateisystem. Was sagt "mount"? Dmesg könnte auch Infos haben, längeren Output bitte nach NoPaste (Link findest Du links im Menü).

[AndreNeustadt]

Danke für dein Feedback.
Habe die beiden Ausgaben hochgeladen: pastebin/?mode=view&s=40408

[pferdefreund]

Was sagt denn ein df -h - ist eventuell nur die Platte voll ? Wenn ja, sollte ein apt-get clean da mal Platz schaffen.

[AndreNeustadt]

Platz ist genug vorhanden:

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Dateisystem    Größe Benutzt Verf. Verw% Eingehängt auf
/dev/sda1        48G    3,3G   42G    8% /
udev             10M       0   10M    0% /dev
tmpfs           403M    5,5M  397M    2% /run
tmpfs          1006M       0 1006M    0% /dev/shm
tmpfs           5,0M       0  5,0M    0% /run/lock
tmpfs          1006M       0 1006M    0% /sys/fs/cgroup

Leider hat das apt-get clean auch nichts geholfen.
Hat noch jemand eine Idee?

[MSfree]

Hat noch jemand eine Idee?

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ls -ld /var/cache/man

?

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/usr/bin/mandb

?

[geier22]

Eine Google suche nach gdbm fatal: write error
Ergibt Lösungsmöglichkeiten :
https://bbs.archlinux.org/viewtopic.php ... 15#p646815

und hier:https://www.linuxquestions.org/question ... ror-52962/

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SOLUTION:
----------------
Rebuild the "man" index using "mandb -csp" instead of "mandb -c"
<= THIS SUCCESSFULLY REBUILDS THE "MAN" INDEXES
YOU SHOULD NO LONGER GET ANY "GDBM" ERRORS ... EVEN
THE OFFENDING PAGES (LIKE "pgmnoise") SHOULD WORK OK

[AndreNeustadt]

Hat noch jemand eine Idee?

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ls -ld /var/cache/man

?

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/usr/bin/mandb

?

ls -ld /var/cache/man
drwxr-sr-x 24 man root 4096 Aug 2 06:25 /var/cache/man

und

/usr/bin/mandb
Alte Datenbankeinträge in /usr/share/man werden gelöscht ...
gdbm fatal: write error

[DeletedUserReAsG]

Ist für diesen Zeitpunkt ein Eintrag im Journal oder Log? Nicht, dass es nur ein profaner Hardwareschaden ist ….

[MSfree]

ls -ld /var/cache/man
drwxr-sr-x 24 man root 4096 Aug 2 06:25 /var/cache/man

Bei mir hat das Verzeichnis eine andere Gruppenzugehörigkeit und andere Rechte. Ich schlage vor, die Rechte mal folgendermassen zu ändern:

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chown man.man /var/cache/man
chmod 755 /var/cache/man

Gefolgt von

Code: Alles auswählen

/usr/bin/mandb

Wenn das erfolgreich ist, kannst du nochmal mit apt oder apt-get dein System aktualisieren.

[AndreNeustadt]

Danke für den Tipp hat aber leider nichts gebracht:

chmod 755 /var/cache/man
/usr/bin/mandb
Alte Datenbankeinträge in /usr/share/man werden gelöscht ...
gdbm fatal: write error

[geier22]

Mal versucht, wie oben angesprochen ?:

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mandb -csp

siehe Manual mandb

[jue]

apt-get update und apt-get upgrade

ich mache es natürlich auch immer so. Weil es gestern nicht ging, habe ich es mit synaptic probiert (komische Idee) und es hat damit seltsamerweise funktioniert.

[AndreNeustadt]

Hatte leider auch nichts gebracht. Bekomme immer wieder Write Errors:

mandb -csp
Handbuchseiten unter /usr/share/man werden verarbeitet ...
Indexcache des Pfades »/usr/share/man/man1« wird aktualisiert. Bitte warten ...gdbm fatal: write error

[geier22]

Noch was gefunden:
https://irulan.net/how-to-fix-gdbm-fatal-read-error/
das wäre dann:

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# rm -r /var/cache/man

und im Anschluss das Skript ausführen:

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# /etc/cron.daily/man-db

Kann natürlich sein, dass irgendwelche Fremdsprachigen Einträge in /usr/share/man/ dahin sind
das könnte man zumindest einschränken, indem man die löscht. Ich mache das mit bleachbit als root, geht sicher auch anders.
mein Verzeichnis sieht so aus:

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ls -al  /usr/share/man
insgesamt 708
drwxr-xr-x  12 root root   4096 Aug  4 12:33 .
drwxr-xr-x 391 root root  12288 Jul 27 09:59 ..
drwxr-xr-x   8 root root   4096 Mär 18 12:21 de
drwxr-xr-x   3 root root   4096 Mär 14 01:19 jp
drwxr-xr-x   2 root root 135168 Aug  4 08:59 man1
drwxr-xr-x   2 root root  69632 Mai 10 05:26 man2
drwxr-xr-x   2 root root 372736 Aug  3 16:52 man3
drwxr-xr-x   2 root root   4096 Jul 28 06:52 man4
drwxr-xr-x   2 root root  20480 Aug  4 08:59 man5
drwxr-xr-x   2 root root   4096 Mai 10 05:26 man6
drwxr-xr-x   2 root root  24576 Aug  4 08:59 man7
drwxr-xr-x   2 root root  53248 Aug  4 08:59 man8

[habakug]

Hallo,

Vielleicht sind die Inoden alle.

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# df -i /dev/sda1

Gruss, habakug

[MSfree]

Schieb mal das ganze man-Verzeichnis aus dem Weg und lasse es neu anlegen:

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su
cd /var/cache
mv man man.old
mandb -csp

Sollte das klappen, kann du das verschobene Verzeichnis löschen mit:

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rm -rf man.old

[michaa7]

Und warum versucht du nicht einmal ein

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apt-get update && apt-get dist-upgrade

[AndreNeustadt]

Ich konnte ein Backup wiederherstellen in dem der Fehler noch nicht war.
Dadurch ist das Problem für mich behoben.

Danke für eure Hilfe!

[guennid]

Schade, dass du michaa7s Vorschlag nicht probiert hast. Den Alias-Namen der Version in der sources.list benutzend, versteh' ich sowieso nicht, warum man stattdessen für's Upgraden eines gegebenen Systems dieses zweifelhafte "upgrade" nimmt .