Das was ich als Systemzeit bezeichnen würde ist die Softwareuhr, die als Teil des Kernels läuft und beim Systemstart üblicherweise recht schnell auf die Zeit der eventuell vorhandenen Hardwareuhr (RTC) eingestellt wird. Das passiert auf meinem System offensichtlich automatisch beim Laden des Treibers der Hardwareuhr (letzte Zeile)
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$ dmesg | grep rtc
[ 0.510615] rtc_cmos 00:02: RTC can wake from S4
[ 0.510748] rtc_cmos 00:02: rtc core: registered rtc_cmos as rtc0
[ 0.510774] rtc_cmos 00:02: alarms up to one month, y3k, 242 bytes nvram, hpet irqs
[ 0.515434] rtc_cmos 00:02: setting system clock to 2015-06-05 06:00:55 UTC (1433484055)
Danach gibt es natürlich viele Programme, die die Systemuhr (oder vielleicht sogar zusätzlich die Hardwareuhr) einstellen können und sie zB laufend mit Zeitservern synchronisieren können. Zwei Beispiele hast du ja schon im Eröffnungspost genannt, ein weiteres wäre
ntpdate.
Beim Herunterfahren schließlich wird die Hardwareuhr meist, aber nicht zwingend auf die Zeit der Systemuhr gestellt. Man kann auch manuell die beiden Uhren beliebig synchronisieren, wenn man die Hardwareuhr nach der Systemuhr stellen will mit
und für den umgekehrten Fall