Mit Gnome Desktop kenne ich mich auch nicht aus...
Dein Startscript kannst Du so abändern
#!/bin/bash
sleep 15 &&
conky -c ~/.conkyrc &
womit eigentlich klar wird, Du solltest es in Deinem /home unterbringen.
Das
conky -c... ist für später
und weißt Conky an, eine andere Konfigurationsdatei zu benutzen, als die versteckte conkyrc.
Z.B.
conky -c ~/AnalogClock/conkyrc &
====Startparameter====
Conky können Diverse Startparameter mitgegeben werden, deren Funktionen größten Teils aber auch über die Konfigurationsdateien genutzt werden können. Hier einige Beispiele:
conky -v, -V Versionsangabe anzeigen
-a Ausrichtung auf dem Bildschirm, top/bottom, left/right oder none
-c Datei, Konfigurationsdatei die statt der ~/.conkyrc benutzt werden soll
-u Sekunden, Update Intervall der Anzeige
Wie gesagt, es gibt noch einige andere die mit dem Parameter //-h// beim Start angezeigt werden können.